Ως επεμβατική ενδοσκόπηση αποκαλούμε τις προχωρημένες ενδοσκοπικές τεχνικές που επιτρέπουν την αφαίρεση μικρών όγκων, την τοποθέτηση ενδοπροθέσεων, ενδοσκοπικών ραμμάτων (κλιπ), τη παροχέτευση ενδοκοιλιακών συλλογών ή την αφαίρεση λίθων από το χοληφόρα αγγεία ή το πάγκρεας με τη βοήθεια ενδοσκοπίων χωρίς να γίνει χειρουργική επέμβαση.